Die Stiftung finanziert ihre Aktivitäten mittels Spenden und der Erträge aus der Anlage des Stiftungsvermögens.

Vor Beginn eines jeden Geschäftsjahres stellt die Stiftung einen Wirtschaftsplan auf, der die Grundlage für die Verwaltung aller Einnahmen und Ausgaben bildet. Den wirtschaftlichen Entscheidungen liegt der beschlossene Haushaltsplan zu Grunde.

Nach Ablauf eines jeden Geschäftsjahres hat die Stiftung innerhalb von drei Monaten einen Jahresabschluss aufzustellen. Der Aufsichtsbehörde der Bezirksregierung Düsseldorf selbst sind innerhalb von neun Monaten nach Abschluss des Geschäftsjahres eine Jahresabrechnung mit einer Vermögensübersicht und ein Bericht über die Erfüllung der Stiftungszwecke vorzulegen. Der Jahresabschluss besteht aus einer Einnahmen- und Ausgaben- Rechnung, in Verbindung mit einer Vermögensübersicht. Sie ziehlt auf die der Stiftung zugeflossenen und die von ihr abgeflossenen Zahlungsmittel ab.

Die Stiftung UNESCO führt die Projektarbeit vorrangig in Kooperation mit dem UNESCO Hauptquartier sowie kompetenten und erfahrenen Organisationen durch, die sich mit der Entwicklung, Planung, Durchführung und der intensiven Kontrolle von Projekten beschäftigen.

Die Zusammenarbeit mit der UNESCO in Paris und den Partnerorganisationen besteht bereits seit vielen Jahren und weist ein effektives Agieren miteinander auf. Spendengelder werden lediglich an die örtlichen Verantwortlichen der Projekte übergeben und fließen ausnahmslos in die Maßnahmen der Projekte ein. Zudem erfolgt durch die Verantwortlichen eine regelmäßige Kontrolle über die Projektentwicklungen. Kontinuierliche und schriftliche Berichterstattungen ermöglichen der Stiftung UNESCO einen umfassenden Einblick in die Durchführungsmaßnahmen.

Sowohl die Partnerorganisation der Stiftung UNESCO, als auch UNESCO-Sonderbotschafterin Dr. h.c. Ute-Henriette Ohoven reisen regelmäßig in die Projektregionen, um selbst einen Eindruck der Entwicklungen zu erhalten.